この節ではNautilus を使って、ファイルやフォルダを扱う方法を説明する。
ファイルやフォルダを移動するいちばん簡単な方法は、 Nautilus ウィンドウを二つ開くことだ。
ファイルやフォルダを新しい場所に移動するには、以下のようにしよう:
ファイルメニューを開いて、新規ウィンドウを開くを選ぼう。これで Nautilus ウィンドウが2つできた。
片方のウィンドウで、移動したいファイルやフォルダを探そう。もう一つのウィンドウでは、移動先のフォルダを表示しよう。
左マウスボタンで、移動したいファイルやフォルダをクリックしたまま、それをもう一つのウィンドウにドラッグしよう。
注：ハードディスクがパーティション（ボリューム）を着られていたら、パーティションをまたがってファイルやフォルダをドラッグすると、それは移動ではなくコピーされる。
もとのを残したまま、ファイルやフォルダをコピーするには、以下のようにしよう:
ファイルメニューを開いて、新規ウィンドウを開くを選ぼう。これで Nautilus ウィンドウが2つできた。
片方のウィンドウで、移動したいファイルやフォルダを探そう。もう一つのウィンドウでは、移動先のフォルダを表示しよう。
移動したいアイテム上で、右マウスボタンを押しっぱなしにする。そのままそれを目的のフォルダにドラッグする。するとポップアップメニューが出てくる。
「ここにコピー」（Copy Here）を選ぶと、そのアイテムが目的フォルダにコピーされる。「ここにリンク（Link Here）を選ぶと、そのアイテムへのリンクができる。
しかるべき権限さえあれば、フォルダ階層のどこにでも新しいフォルダは作れる。
以下のようにしよう:
新しくフォルダを作りたいフォルダに行こう。
ファイルメニューを開いて、新規フォルダを選ぼう。
Nautilus は、いまのフォルダ内に新しいフォルダをつくる。名前は「名称未設定」 (untitled folder) になっている。 新規フォルダに名前をつけてやろう 。
デスクトップは Nautilus ウィンドウの延長と思って、そこへフォルダを移動、コピー、新規作成できる。
デスクトップにファイルやフォルダを移動するには、左マウスボタンでクリックしてそれをデスクトップにドラッグすればいい。デスクトップの好きなところにファイルやフォルダを置ける。
デスクトップに何かのコピーをおいたり、リンクを張ったりするには以下のようにしよう:
Nautilus ウィンドウで、コピーしたいファイルやフォルダを見つける。
移動したいアイテム上で、右マウスボタンを押しっぱなしにする。そのままそれをデスクトップにドラッグする。するとポップアップメニューが出てくる。
「ここにコピー」（Copy Here）を選ぶと、そのアイテムが目的フォルダにコピーされる。「ここにリンク（Link Here）を選ぶと、そのアイテムへのリンクができる。
デスクトップに新規フォルダを作るには、デスクトップ（ウィンドウの中以外）をどこでもいいからクリックして、ポップアップメニューから「新規フォルダ」を選ぶ。
ヒント: デスクトップで作業中に、 Nautilus ウィンドウが開きたくなったら、デスクトップ上の好きなところをクリックして、ポップアップメニューから「新規ウィンドウ」を選ぼう。
アイテムの複製には、以下のようにしよう:
複製したいアイテムをクリックして選ぶ。
ファイルメニューを開いて、複製を選ぼう。
そのアイテムの複製が、同じフォルダ内にできる。 新しい名前をつけてもいい 。
ショートカット：アイコン表示でも一覧表示でも、複製したいアイテムを右クリックして、ポップアップメニューから「複製」を選んでもいい。
アイコン表示のアイテムの名前を変えるには、以下のようにしよう:
名前を変えたいアイテムのアイコンをクリックして選ぶ。
ファイルメニューを開いて、名称変更を選ぼう。アイコンのラベルには、テキストボックスができる。
新しい名前を入力してやって、Enter を押そう。
一覧表示で名称変更をするには、以下のようにしよう:
名前を変えたいアイテムのアイコンをクリックして選ぶ。
ファイルメニューを開いて、設定表示（Show properties) を選ぼう。
基本 (Basic) タブで、新しい名前を入力しよう。
ダイアログボックスを閉じる。
ショートカット：アイコン表示でも一覧表示でも、名前を変えたいアイテムを右クリックしよう。アイコン表示では、コンテキストメニューから「名称変更」を選ぼう。一覧表示では「プロパティ」（Show Properties）を選ぶ。
アイテムの削除には以下のようにしよう：
削除したいアイテムのアイコンをクリック。
ファイルメニューを開いて、ゴミ箱に入れる（Move to Trash) を選ぼう。
ゴミ箱を空にするには、ファイルメニューを開いて、ゴミ箱を空にする（Empty Trash) を選ぼう。(空にするのは、捨てるファイルを二度と復元しないのが確実な時だけにしよう！)
ショートカット：アイコン表示でも一覧表示でも、捨てたいアイテムを右クリックして、ポップアップメニューから「ゴミ箱に入れる」を選ぼう。あるいはそのアイテムをクリックしたまま、デスクトップのゴミ箱までドラッグしよう。
自分のファイルやフォルダのパーミッション（許可属性）は変えられる。もしroot でログインしていたら（上級者だけね）、コンピュータ上の全ファイルやフォルダのパーミッション（許可属性）を変えられる。
パーミッション（許可属性）を変えたいアイテムをクリックして選択。
ファイルメニューを開いて、プロパティ（Show properties) を選ぼう。そのファイルやフォルダのプロパティダイアログが出てくる。
パーミッションタブを選ぶ。
ファイルグループ（File Group）メニューから、そのファイルやフォルダが属するグループを選ぶ。
表の中で、認めたいパーミッションにチェックを入れていこう、たとえば所有者とグループ内のユーザに、そのファイルを read (読む), write (編集), 実行する権限を与えて、それ以外の人は、読めるけれど書けないようにすることができる。
パーミッション（許可属性）の編集が終わったら、ダイアログボックスを閉じよう。
注: 「実行」属性は、プログラムやや、提供したいディレクトリリスティングのあるフォルダだけに使う。